Gangguan sistem darah dapat menyebabkan trombositopenia, seperti leukemia akut, purpura idiopatik, anemia aplastik dan myelodysplasia. Anemia aplastik dapat menyebabkan lesi pada sel induk hematopoietik, yang mengakibatkan berkurangnya produksi trombosit. Kerusakan pada sumsum tulang, seperti kanker metastatik, myeloma, leukemia, limfoma dan myelofibrosis, dapat menghancurkan sel punca hematopoietik dan menyebabkan berkurangnya produksi trombosit. Anemia megakariositik dan anemia defisiensi besi dapat mengalami peningkatan megakariosit, yang menyebabkan penurunan pembaruan trombosit dan menyebabkan trombositopenia. Pasien dengan purpura idiopatik akan mengalami peningkatan jumlah sel darah merah, sel darah putih dan hemoglobin, di mana antioksidan, vitamin dan mineral mengurangi agregasi trombosit darah. Pada pasien dengan sepsis, megakariosit berhenti membelah, yang menyebabkan berkurangnya produksi trombosit. Selain itu, bakteri dan racun dapat merusak trombosit, yang menyebabkan trombositopenia. Pada hepatitis B dan sirosis, kompleks imun yang bersirkulasi diendapkan pada permukaan sel induk hematopoietik dan trombosit, menyebabkan lisis trombosit dan penurunan produksi trombosit. Hipersplenisme dapat menyebabkan sejumlah besar trombosit tertahan dalam limpa, yang menyebabkan kerusakan trombosit, sementara perdarahan dari saluran pencernaan dapat menyebabkan peningkatan konsumsi trombosit.