Waktu optimal pembedahan tergantung pada sejumlah faktor, termasuk kompleksitas malformasi kongenital, usia dan berat badan anak, serta perkembangan umum dan status gizi anak. Untuk jantung bawaan sederhana, direkomendasikan usia 1 – 5 tahun, karena terlalu muda meningkatkan risiko pembedahan karena berat badan yang rendah dan perkembangan umum dan status gizi yang buruk; terlalu tua meningkatkan pembesaran kompensasi jantung, dan dalam beberapa kasus bahkan meningkatkan tekanan arteri pulmonalis, yang juga meningkatkan kesulitan pembedahan dan waktu pemulihan setelah pembedahan. Dalam kasus hipertensi pulmonal gabungan, malformasi kongenital yang parah yang memengaruhi pertumbuhan dan perkembangan, malformasi yang mengancam jiwa dan malformasi kompleks yang memerlukan pembedahan bertahap, semakin dini semakin baik, tanpa memandang usia.