Tanda-tanda klinis mukositis peri-implan meliputi: 1. Kemacetan, kemerahan atau hiperplasia pada gingiva marginal, meskipun ciri-ciri ini terkadang tidak jelas; 2. Pemeriksaan ringan yang menyebabkan perdarahan dan/atau keluarnya nanah; 3. Kedalaman pemeriksaan yang bertambah, dengan pemeriksaan yang dapat masuk ke dalam sulkus gingiva peri-implan lebih dari 3 mm jika tidak terhalang; 4. Biasanya tanpa rasa sakit yang signifikan. Peri-implantitis, selain gejala mukositis peri-implan, disertai dengan resorpsi tulang, dengan defek tulang seperti kawah yang khas yang mengelilingi implan dan terdefinisi dengan baik. Radiografi standar menunjukkan area tembus pandang berbentuk V di bagian tengah proksimal dan distal. Karena osseointegrasi dari area apikal ke lesi masih utuh, implan mungkin tidak menunjukkan tanda-tanda pelonggaran. Melonggarnya implan dan radiografi yang menunjukkan area tembus pandang di sekitar implan mengindikasikan hilangnya osseointegrasi secara keseluruhan dan merupakan tanda kegagalan implan gigi. Peningkatan kedalaman pemeriksaan klinis, perdarahan pada pemeriksaan (BOP), atau kehilangan tulang peri-implan saja tidak cukup untuk mendukung diagnosis peri-implantitis. Peri-implantitis tidak selalu terjadi pada lokasi dengan kedalaman probing lebih dari 3 mm. Jenis (bentuk) implan, komponen perlekatan (metode) dan suprastruktur restorasi semuanya mempengaruhi struktur jaringan peri-implan. Untuk membuat papilla gingiva selama pembentukan jaringan lunak di area estetik, jarak dari bahu implan ke margin gingiva dapat mencapai 5 mm dan kedalaman probing dapat mencapai 5 mm. Resorpsi tulang juga dapat disebabkan oleh implan yang ditanam terlalu dalam atau karena implan ditempatkan terlalu dekat satu sama lain. Pada implan yang lebih dalam, dapat terjadi mukositis dan remodeling tulang marginal, yang dapat salah didiagnosis sebagai peri-implantitis dan sulit untuk diidentifikasi secara klinis, dan oleh karena itu, prevalensi peri-implantitis dapat ditaksir terlalu tinggi dalam beberapa penelitian.