Manifestasi klinis utama pada periode neonatal adalah gejala akut pada sistem pernafasan, peredaran darah dan pencernaan secara bersamaan, tetapi dengan gejala pernafasan sebagai manifestasi yang menonjol. Dyspnoea, sesak napas dan sianosis dapat dimulai saat lahir atau muncul dalam beberapa jam setelah lahir. Dyspnoea dan sianosis bisa bersifat paroksismal dan bervariasi, yaitu bisa memburuk dengan menangis atau makan, atau bisa juga tiba-tiba dan progresif. Manifestasi klinis yang umum adalah sebagai berikut: 1. Muntah: gejala yang paling umum pada bayi baru lahir cukup bulan, bayi dan anak-anak yang lebih tua, terhitung lebih dari 80% hingga 95% kasus, yang dapat terjadi pada minggu pertama kehidupan. Muntah dalam berbagai bentuk, sering dalam posisi berbaring atau di malam hari, terkadang sedikit menyajikan tumpahan susu, serius menyajikan muntah jet. Muntah cairan seperti kopi atau darah dapat terjadi, tetapi tidak dalam jumlah besar. Muntahan pada awalnya adalah isi perut dan dalam kasus yang parah empedu, sering kali disebabkan oleh refluks esofagitis pada esofagus bagian bawah. Jika seseorang sering dapat tetap dalam posisi semi-duduk atau memberi makan makanan yang sedang dan kental, muntah membaik secara signifikan. Setelah 8 sampai 9 bulan sakit, jumlah muntah berkurang, yang mungkin merupakan tanda perbaikan atau pembentukan striktur parut karena fibrosis esofagus bagian bawah. 2. Hernia para-esofagus: kadang-kadang esofagus tetap dalam posisi normal dalam rongga perut bersamaan dengan lambung, dengan herniasi parsial fundus ke dalam rongga toraks atau herniasi bengkok ke sisi kanan diafragma. Jika torsi berkepanjangan, terjadi intususepsi. Ada bentuk obstruktif dengan nyeri retrosternal, dada sesak dan sesak napas. Ventilasi lambung yang buruk menyebabkan gastritis retensi, tukak dan pendarahan. 3. Kesulitan dalam menelan: Kesulitan dalam menelan sering terjadi, yang dapat membaik dengan puasa dan pengobatan anti-inflamasi pada tahap awal, tetapi pada tahap akhir menjadi tidak mungkin untuk makan atau memuntahkan lendir putih. Reflux oesophagitis pada hernia hiatus esofagus geser secara bertahap memburuk dan peradangan telah menyerang lapisan otot, menyebabkan fibrosis pada ujung bawah esofagus, sehingga tidak hanya mengakibatkan pemendekan esofagus dan herniasi fundus kardia ke dalam rongga toraks, tetapi juga pada striktur esofagus. 4. Muntah darah dan darah dalam tinja: Selain memuntahkan bahan seperti kopi, anak-anak yang mengalami muntah parah juga memuntahkan darah dan mengeluarkan tinja yang berwarna hitam. Muntah darah dan darah dalam tinja yang berkepanjangan disebabkan oleh refluks esofagitis, dan asupan nutrisi yang tidak mencukupi, anak tampak anemia, dengan hemoglobin sering antara 80 dan 100 g/L. Panjang dan berat badannya seringkali lebih rendah daripada anak-anak pada usia yang sama, sehingga pertumbuhan dan perkembangannya buruk. Sebagian besar tes tinja positif mengandung darah gaib. Batuk dan sesak napas adalah gejala infeksi saluran pernapasan: 30% hingga 75% bayi dan anak-anak dengan hernia hiatus esofagus mengalami infeksi saluran pernapasan berulang, karena beberapa anak memiliki sejumlah kecil isi lambung yang biasanya tidak terdeteksi, yang sering kali berulang kali terhirup ke dalam trakea, sehingga mengakibatkan infeksi saluran pernapasan berulang; meskipun infeksi saluran pernapasan dapat membaik dengan pengobatan anti-inflamasi, namun tidak dapat disembuhkan. Pada beberapa anak yang alergi, sejumlah kecil isi perut secara tidak sengaja tersedot ke dalam saluran udara, yang mengakibatkan serangan alergi seperti asma.