Saat ini, sekitar 17% pasien dengan kolitis ulserativa dan penyakit Crohn mengalami intoleransi klinis terhadap azatioprin, seperti penekanan sumsum tulang yang parah, pankreatitis, kerusakan hati, limfoma, dan bahkan nyeri tulang dan sendi, rambut rontok, dan masalah gastrointestinal (misalnya mual, muntah, ketidaknyamanan), terutama pada mereka yang memiliki neutrofil darah < 2,0; amilase darah > 2X; atau Fungsi hati ALT, ALP, rGT > 2X harus ditanggapi lebih serius. Untuk masalah-masalah ini, azatioprin harus segera dihentikan: 1. Dianjurkan agar pengobatan dapat dialihkan ke 6-mercaptoguanine (6-MP), biasanya dengan dosis antara 0,3 – 1,0 mg / kg, tergantung pada kondisi pasien, yang dapat membuat 2/3 dari pasien yang tidak toleran terhadap azatioprin di bawah kendali. 2. Untuk pasien dengan penyakit Crohn yang tetap tidak toleran terhadap 6-MP, dianjurkan untuk mengkonversi ke terapi methotrexate (MTX). 3. Jika masih ada pasien yang tidak toleran terhadap 2 obat di atas, pertimbangkan pengobatan dengan nutrisi parenteral atau biologik, dll.