Apakah epilepsi neonatal dapat disembuhkan tergantung pada penyebab epilepsi. Jika perubahan organik di otak tidak dapat dideteksi dengan sarana pemeriksaan yang ada, seperti CT kranial dan MRI kranial, yang berarti fungsi otak utuh dan hanya manifestasi klinis kejang, ini disebut epilepsi primer, dan tingkat kesembuhannya relatif tinggi, dan 70% dari anak-anak dapat mencapai kesembuhan klinis. Dengan kata lain, dengan pengobatan teratur, kontrol klinis dapat dicapai dan tidak ada lagi kejang yang dapat terjadi, dan pengobatan dapat sepenuhnya dihentikan setelah pengurangan bertahap, dan anak tidak akan lagi mengalami kejang. Namun, jika anak mengalami kerusakan otak organik, seperti cedera lahir, hipoksia intrauterin, asfiksia, ensefalitis, displasia otak, yang menyebabkan lesi otak organik, tingkat kesembuhannya relatif buruk dan mungkin memerlukan pengobatan seumur hidup.