Sebelum kolonoskopi, dokter akan memberikan obat kepada pasien untuk membersihkan usus sehingga tinja dapat dikosongkan dari usus besar dan rektum, dan rongga usus dapat dilihat dengan lebih baik melalui kolonoskop. Oleh karena itu makanan yang dapat mengganggu pengosongan feses atau cenderung tetap berada di dalam usus harus dihindari. Makanan berikut ini atau makanan dengan efek yang sama harus dihindari tiga hari sebelum pemeriksaan: makanan yang mengandung serat panjang, seperti daun sayuran yang belum dipotong; biji dari berbagai buah, seperti biji anggur; dan semangka, yang beberapa orang suka makan dalam jumlah banyak di musim panas sebagai pengganti makanan, daging dan bijinya mungkin tetap berada di usus dan tidak mudah dikeluarkan. Ciri umum dari makanan ini adalah bahwa makanan ini tidak dicerna dan teksturnya ringan, sehingga sulit untuk membersihkannya dalam waktu singkat bahkan dengan obat pencahar. Pasien dengan konstipasi parah juga harus berbicara dengan dokter mereka sebelum tes, karena kadang-kadang sulit untuk mengosongkan usus dengan satu atau dua dosis obat pencahar, dan perlu untuk menyesuaikan diet dan minum obat pencahar beberapa kali sebelumnya untuk memenuhi kriteria tes.