Metode pengobatan yang berbeda digunakan untuk penyebab nyeri perut yang berbeda, dan tidak mungkin untuk mengatakan dengan tepat pengobatan mana yang terbaik.
Sebagian besar nyeri perut kronis dapat diperbaiki dengan perawatan di rumah atau modifikasi diet. Apabila nyeri perut akut terjadi, maka harus ditangani secara profesional di rumah sakit sesegera mungkin. Sebagian besar nyeri perut yang didiagnosis sebagai apendisitis akut akan memerlukan penanganan bedah segera. Nyeri perut akibat pankreatitis akut terutama konservatif dalam pengobatan internal, dan jika terjadi kegagalan organ, pasien perlu dirawat di unit perawatan intensif (ICU) untuk perawatan suportif. Untuk nyeri perut yang disebabkan oleh ulkus gastroduodenal, obat untuk menekan asam lambung, obat untuk melindungi mukosa lambung dan pemberantasan Helicobacter pylori harus dipilih.