Dengan peningkatan pesat dalam jumlah kolonoskopi yang dilakukan, terutama dengan perluasan ruang lingkup pengobatan, masalah keamanan telah muncul. Komplikasi berikut ini bisa terjadi selama kolonoskopi akibat pemilihan indikasi yang tidak tepat, persiapan yang tidak memadai dan kurangnya pengalaman operator: 1) perforasi dinding usus; 2) pendarahan usus; 3) robekan membran mesenterika dan plasma serta pecahnya limpa; 4) henti jantung dan depresi pernapasan. Walaupun kejadian komplikasi ini sangat rendah, namun apabila terjadi, komplikasi ini dapat menyebabkan penyakit yang tidak perlu, biaya finansial yang tidak perlu dan bahkan biaya hidup bagi pasien. Hasil dari komplikasi sangat terkait erat dengan seberapa cepat komplikasi itu terdeteksi dan seberapa baik penanganannya. Oleh karena itu, deteksi dini sangat penting. Penting untuk menginformasikan kepada dokter Anda tentang nyeri perut yang terus-menerus atau darah dalam tinja setelah kolonoskopi, sehingga tindakan dini bisa diambil.