Dalam pengertian imunologis, limfosit B adalah organel utama amandel dan kelenjar gondok. Limfosit B membentuk 60% dari semua limfosit tonsil, dengan limfosit T membentuk 40% sisanya. Limfosit imunoreaktif atau sel limfoid terletak di empat area yang berbeda dari kelenjar gondok dan amandel, yaitu epitel sel Reticular, daerah ekstra folikel, zona Mantel dan pusat Germinal folikel. Kelenjar gondok dan amandel terlibat dalam induksi imunitas sekretori. Mereka memainkan peran krusial dalam pengaturan sekresi imunoglobulin. Hal ini sangat penting dalam pematangan pra-kekebalan tubuh bayi dan anak-anak. Proses pengambilan antigen oleh tonsil dan adenoid kurang lebih mirip dengan proses pengambilan antigen oleh Payer’s patche – jaringan limfoid yang berhubungan dengan usus dengan peran yang sangat penting dalam respon imun mukosa – dari epitel usus. Faktanya, salah satu fungsi amandel yang sangat penting adalah pengangkutan langsung zat-zat eksogen ke sel-sel limfoid, dan lagi-lagi kriptus tonsillar memainkan peran penting dalam mekanisme ini. Kriptus ini tidak hanya meningkatkan luas permukaan tonsil, tetapi juga mengangkut antigen ke folikel limfoid. Pada manusia, amandel paling aktif secara imunologis antara usia 4 dan 10 tahun, dan dalam keadaan patologis (infeksi virus, dysbiosis dan alergi karena penggunaan antimikroba) amandel dapat menjadi aktif secara imunologis lebih awal pada masa bayi, yaitu sebelum usia 1 tahun hingga kematangan pra-imun 3 tahun. Setelah pubertas, rasio limfosit (sel T:B) dalam tonsil menurun. Pada pasien dengan tonsilitis dan adenoiditis rekuren yang sudah berlangsung lama, peradangan sel epitel pada permukaan tonsil dan adenoid menyebabkan pelepasan sel imunoreaktif dan penurunan presentasi antigen, yang pada akhirnya digantikan oleh sel epitel skuamosa berlapis. Perubahan-perubahan ini pada gilirannya menyebabkan penurunan aktivitas sistem sel B lokal dan pada akhirnya mengurangi produksi antibodi oleh sel B. Kelenjar gondok yang mengalami hipertrofi mulai mengalami atrofi seiring bertambahnya usia. Berbeda dengan tonsilitis rekuren, perubahan-perubahan ini tidak terlihat pada hipertrofi adenoid dan fungsi imunoregulasi pada kelenjar gondok tetap utuh. Sebagai organ kekebalan tubuh yang penting, kelenjar gondok dan amandel merupakan bawahan dari seluruh sistem kekebalan tubuh mukosa saluran pencernaan. Penelitian terbaru menunjukkan peran kelenjar gondok dalam respon imun yang sedang berlangsung dan hipertrofi dipengaruhi oleh infeksi virus, alergi dan faktor-faktor termasuk faktor lingkungan. Singkatnya, pengobatan hipertrofi adenoid yang agresif dan benar sejak dini dapat mengurangi tingkat pembedahan. Tidak ada dasar ilmiah untuk penggunaan obat perangsang atau peningkat kekebalan tubuh.