Perbedaan antara enteritis atopik dan enteritis non-atopik adalah apakah ada penyebab yang jelas. Umumnya, enteritis atopik memiliki penyebab yang jelas, seperti enteritis bakteri, enteritis pseudomembran, enteritis virus, dan enteritis radiasi, yang semuanya merupakan jenis enteritis dengan penyebab yang jelas. Enteritis non-spesifik tidak memiliki penyebab yang jelas dan dianggap disebabkan oleh penyakit sistem kekebalan tubuh, seperti kolitis ulseratif, penyakit Crohn, dll. Oleh karena itu, perbedaan terbesar di antara keduanya adalah ada atau tidaknya penyebab yang jelas. Pengobatannya juga relatif berbeda, enteritis atopik adalah pilihan obat yang ditargetkan. Dalam kasus enteritis bakteri, antibiotik sensitif dipilih untuk pengobatan sesuai dengan hasil sensitivitas obat, dan pengobatan antivirus diberikan untuk enteritis virus. Dalam kasus enteritis pseudomembran, obat antijamur dipilih untuk pengobatan. Enteritis non-spesifik, umumnya karena penyakit sistem kekebalan tubuh yang disebabkan oleh enteritis yang tidak dapat dijelaskan, dianjurkan untuk memberikan hormon atau persiapan kekebalan tubuh, tetapi juga dapat memilih beberapa asam p-aminosalisilat dan obat lain untuk pengobatan.