Di dalam usus kita tumbuh komunitas organisme yang sangat besar yang terkait erat dengan kehidupan kita: mikroba usus. Mikroba usus termasuk apa yang sering kita sebut flora usus, serta virus dan eukariota. Saat ini diperkirakan ada lebih dari 2.000 spesies flora usus, berjumlah 1014, yang lebih banyak daripada jumlah sel dalam tubuh manusia. Empat kelompok utama adalah Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria dan Proteobacteria. Human Microbiome Project telah menunjukkan bahwa flora usus setiap individu berbeda dan memiliki kekhususannya sendiri seperti sidik jari, dan bahwa mikrobiota anak kembar hampir 50% serupa, menunjukkan bahwa genotipe inang memainkan peran utama dalam komposisi flora usus. Penelitian telah menunjukkan bahwa makan makanan tinggi lemak, tinggi gula, dan tinggi protein selama satu hari dapat secara signifikan mengubah flora usus. Orang yang menjalani diet tinggi lemak memiliki dominasi Bacteroides intestinalis, sementara mereka yang menjalani diet tinggi karbohidrat memiliki dominasi Aspergillus intestinalis. Dampak antibiotik pada flora usus sangat penting, dan dalam beberapa kasus menghancurkan, dengan beberapa koloni berjuang untuk pulih selama berbulan-bulan setelah antibiotik diberikan, dan beberapa spesies dapat berkurang atau bahkan menghilang untuk jangka waktu yang lama. Jadi, bagaimana flora usus manusia terbentuk? Sebelumnya kami mengira bahwa janin itu steril, tetapi sejumlah kecil bakteri sekarang telah ditemukan ada di dalam janin. Proses persalinan adalah rute utama paparan bakteri, dengan flora bayi yang lahir secara alami menyerupai flora vagina ibu, dan flora bayi yang lahir melalui operasi caesar didominasi flora kulit seperti Staphylococcus spp. dan Propionibacterium spp. Pada awal masa kanak-kanak, flora usus sebagian besar bersifat aerobik, yang secara bertahap digantikan oleh bakteri anaerobik dengan penambahan makanan pendamping dan makanan padat, dengan distribusi flora usus yang mendekati tingkat dewasa pada usia 2,5 tahun. Apa dampak flora usus pada tubuh manusia? Mikroba usus telah berevolusi bersama mamalia selama jutaan tahun dan diperlukan untuk pengembangan dan pematangan sistem kekebalan tubuh mamalia. Hewan dalam keadaan bebas kuman menunjukkan berkurangnya sIgA, jaringan limfoid terkait saluran pencernaan, vesikula Peyer dan cacat kelenjar getah bening mesenterika. Flora usus mensintesis berbagai vitamin seperti vitamin B (vitamin B1, B2, B6, B12), vitamin K, niasin dan asam pantotenat, dll. Flora usus juga menggunakan residu protein untuk mensintesis asam amino non-esensial seperti asam aspartat, alanin, valin, dan treonin, serta berpartisipasi dalam metabolisme gula dan protein, serta meningkatkan penyerapan mineral seperti zat besi, magnesium, dan seng, dan pemecahan serat makanan di usus. Asam lemak rantai pendek yang dihasilkan merupakan sumber energi esensial bagi sel-sel usus besar. Jumlah enterovirus adalah sekitar 108 dan 95% dari populasi virus jarang berubah selama masa hidupnya. Berlawanan dengan apa yang mungkin kita harapkan, sebagian besar enterovirus tidak berbahaya bagi manusia, tetapi komposisi dan peran mereka yang tepat masih perlu dieksplorasi lebih lanjut. Banyak penyakit telah ditemukan terkait dengan perubahan flora usus, seperti penyakit alergi, penyakit autoimun, obesitas, diabetes dan penyakit Crohn. Penyakit Crohn adalah respons inflamasi kronis dan persisten yang disebabkan oleh respons jaringan kekebalan tubuh yang tidak tepat terhadap mikroorganisme usus sebagai respons terhadap faktor lingkungan. Mikroba usus memainkan peran penting dalam patogenesis penyakit Crohn, dan peradangan usus tidak terjadi pada hewan dalam keadaan bebas kuman. Penelitian telah menunjukkan bahwa flora usus pasien Crohn berbeda dari populasi normal, dengan peran gen kerentanan serta faktor diet dan farmakologis, dan telah ditunjukkan bahwa pasien Crohn dapat diobati untuk penyakit Crohn dengan mengambil kapsul yang terbuat dari kotoran kerabat normal mereka melalui tabung lambung atau dengan menelannya. Kesimpulannya, mikroba usus sangat erat kaitannya dengan kesehatan dan penyakit kita, dan pemahaman kita tentang hubungan antara mikroba usus dan penyakit baru saja terungkap saat ini dan perlu dieksplorasi secara lebih mendalam.