Berkenaan dengan waktu pembedahan untuk penyakit jantung bawaan cacat septum ventrikel, dua faktor yang umumnya diperhitungkan: di satu sisi, penyakitnya, semakin lambat pembedahannya, semakin parah penyakitnya dan semakin buruk hasil pembedahannya; di sisi lain, pasien, semakin lambat pembedahannya, semakin tua anaknya, semakin tahan terhadap penyakitnya dan semakin aman pembedahannya. Jadi, waktu terbaik adalah hasil dari keseimbangan komprehensif di antara keduanya. Prinsip-prinsip berikut ini secara umum dapat dirujuk: (1) Karena cacat septum membran yang lebih kecil dari 5mm memiliki kemungkinan penutupan alami, dan bahkan jika tidak sembuh dampaknya pada tubuh relatif kecil, pembedahan bisa jadi tidak perlu, observasi jangka panjang, harus rawat jalan rutin, setelah ada perubahan dapat beralih ke pembedahan kapan saja. Sebagian besar defek septum ventrikel yang lebih besar dari 6mm dapat diobati dengan pembedahan pada usia sekitar 1 tahun, ketika pembedahan lebih aman dan tidak menunda kondisi dengan menyebabkan hipertensi pulmonal yang parah. (2) Cacat septum ventrikel sub-batang, terlepas dari ukuran cacatnya, harus dioperasi pada atau sebelum usia sekitar 1 tahun untuk mencegah perkembangan prolaps katup aorta dan harus mengganti katup aorta melalui pembedahan – yang secara serius akan mempengaruhi kualitas hidup. (3) Sangat sedikit cacat ventrikel besar (lebih besar dari 10 mm) dengan pneumonia berulang dan gagal jantung dapat diobati sedini mungkin tanpa memandang usia, tetapi risiko pembedahan sedikit lebih besar.