HIV termasuk dalam kelompok virus imunodefisiensi manusia dalam genus Lentivirus dalam keluarga Retroviridae dalam klasifikasi virus. Ada 4 alasan untuk variabilitas genetiknya yang tinggi sebagai berikut 1. Tingkat kesalahan yang tinggi dari enzim reverse transcriptase, yang tidak mengeluarkan nukleotida yang salah dimasukkan pada waktunya untuk replikasi, menyebabkan satu kesalahan terjadi pada kira-kira setiap siklus replikasi yang menyebabkan mutasi acak terjadi selama replikasi virus. 2, replikasi virus yang cepat, kira-kira satu orang yang terinfeksi HIV per hari menghasilkan dan mengeluarkan 10 miliar partikel virus. 3, seleksi kekebalan inang, di bawah aksi tekanan kekebalan inang, sehingga genom yang dapat merangsang kekebalan seluler atau humoral inang lebih tinggi daripada bagian variasi lainnya, seperti gp120 V3 ring daerah variasi tinggi. 4. Rekombinasi genetik antara DNA dari strain virus yang berbeda. Gen HIV memiliki panjang sekitar 9,8 kb dan mengandung 3 gen struktural, gag, pol dan env, 2 gen regulator (tat trans activator, rev virulence particle protein expression regulator) dan 4 gen aksesori (nef negative regulator, vpr viral r protein, vpu viral u protein dan vif virulence particle infectivity factor). HIV adalah virus yang sangat bervariasi dengan berbagai tingkat variasi pada setiap gen, dengan gen env memiliki tingkat variasi tertinggi. HIV yang lazim di seluruh dunia hingga saat ini dapat diklasifikasikan menjadi dua jenis, HIV-1 dan HIV-2, berdasarkan respon serologis dan penentuan urutan asam nukleat virus. Antara HIV-1 dan HIV-2, hanya 40-60% dari urutan nukleotida yang homolog. Dalam HIV-1, tingkat perbedaan genetik antara subtipe adalah 20%-35%, dan dalam subtipe yang sama, tingkat perbedaan genetik adalah 7%-20%. Berdasarkan homologi urutan gen env, yang mengkodekan protein amplop, dan gen gag, yang mengkodekan protein kapsid, HIV-1 dibagi lagi menjadi tiga kelompok, M (utama), O (garis besar) dan N (baru, atau non-M, non-O), di mana M sejauh ini telah Ada 11 subtipe, A, B, C, C, D, E, F, G, H, I, J dan K. Grup O diisolasi dari Kamerun dan Gabon pada tahun 1990 dan hanya memiliki 50% homologi urutan asam amino dengan subtipe lain dari Grup M. Grup N baru-baru ini diisolasi dari dua pasien Kamerun dan merupakan kelompok virus baru dalam pohon filogenetik yang tidak termasuk dalam Grup M maupun Grup O, oleh karena itu dinamakan Grup N. HIV-2 secara biologis sangat mirip dengan HIV-1, tetapi kurang menular dan menyebabkan perkembangan klinis AIDS yang lebih lambat dan gejala yang lebih ringan. Di Cina, HIV-1 adalah jenis yang dominan, dan ada 8 subtipe HIV-2, termasuk A, B (B Eropa dan Amerika B), B’ (Thai B), C, D, E, F, dan G. Ada juga jenis rekombinan epidemi yang berbeda. Namun, sejauh ini belum ada jenis O dan N yang dilaporkan. Deteksi dini dan identifikasi subtipe HIV penting untuk penyelidikan epidemiologi, diagnosis tepat waktu, pengembangan reagen diagnostik baru, pengembangan obat baru dan pengembangan vaksin.