Sebelumnya diyakini bahwa nefropati IgA adalah penyakit glomerulus jinak. Secara klinis, memang benar bahwa beberapa pasien dengan nefropati IgA memiliki prognosis yang sangat baik, tetapi dalam beberapa tahun terakhir, telah ditemukan bahwa beberapa pasien dengan nefropati IgA memiliki prognosis yang sangat buruk, dan mereka yang mengalami glomerulosklerosis atau fibrosis interstitial yang signifikan secara patologis memiliki prognosis yang sangat buruk. Telah dilaporkan dalam literatur bahwa pada nefropati IgA dengan masa tindak lanjut 20 hingga 25 tahun, 25% hingga 30% pasien pada akhirnya membutuhkan dialisis atau transplantasi ginjal. Di Cina, tingkat kelangsungan hidup nefropati IgA dalam 10 tahun dan 15 tahun masing-masing adalah 85% dan 70,9%. Perbedaan prognosis pasien dengan nefropati IgA terutama terkait dengan jenis patologi dan manifestasi klinis. Prognosis nefropati IgA buruk jika patologi menunjukkan hiperplasia thylakoid difus sedang hingga berat dan peningkatan stroma, glomerulosklerosis, pembentukan bulan sabit, atrofi tubulus, dan pembentukan fibrosis; sedangkan patologi hanya menunjukkan hiperplasia thylakoid ringan dan peningkatan stroma, dan tidak ada perubahan yang jelas pada mesenkim ginjal, tubulus ginjal, atau pembuluh darah, prognosisnya masih baik. Manifestasi klinis nefropati IgA sangat bervariasi, proteinuria yang lebih besar dari 3g/24 jam menyumbang 1%~33%, 6%~49% dalam kombinasi dengan hipertensi, 2%~59% dengan gangguan fungsi ginjal, dan 20%~78% dengan hematuria. Prognosis pasien dengan proteinuria masif, hipertensi, atau gangguan ginjal buruk. Kesimpulannya, tingkat glomerulosklerosis dan derajat fibrosis interstitial dalam histologi adalah salah satu indikator terpenting untuk menilai prognosis nefropati IgA; manifestasi klinis, seperti disertai dengan hipertensi ganas, kreatinin serum yang tinggi, dan proteinuria dalam jumlah besar merupakan indikator penting untuk menilai prognosis yang buruk. Kombinasi klinis patologi sangat penting dalam mengevaluasi prognosis nefropati IgA.