Pendengaran adalah perhatian utama ketika orang tua diberi konseling tentang masalah pendengaran. Mereka berpikir bahwa tidak ada pendengaran sama sekali di sisi yang terkena, atau mereka berpikir bahwa pendengaran dapat dipulihkan setelah dilakukan pengeboran, atau mereka bahkan berpikir bahwa jika mereka memotong kulit, maka akan ada saluran telinga di dalamnya, dan seterusnya. Faktanya, mereka semua membuat kesalahan konseptual, yang harus dijelaskan dalam hal perkembangan embrio. Telinga terdiri dari tiga bagian: telinga luar, telinga tengah, dan telinga dalam. Telinga luar terdiri dari daun telinga dan saluran pendengaran eksternal; telinga bagian dalam terdiri dari koklea seperti siput, yang berperan sebagai sistem elektronik dan mentransmisikan informasi ke otak melalui saraf pendengaran untuk membentuk pendengaran; telinga tengah adalah rongga berisi udara di antara keduanya, yang berisi tulang martil, tulang landasan, dan tulang stapes, tiga buah tulang pendengaran yang membentuk rantai tulang pendengaran yang dapat digerakkan. Selama perkembangan embrio, telinga luar dan telinga tengah berasal dari massa jaringan yang sama, terutama lengkung insang pertama dan kedua; namun, telinga bagian dalam berasal dari jaringan yang berbeda dan unik. Akibatnya, telinga tengah pasien dengan mikrotia juga mengalami kelainan pada saat yang sama, sedangkan telinga bagian dalam normal, sehingga pasien dengan mikrotia juga memiliki pendengaran parsial pada sisi yang terkena (pendengaran konduksi tulang). Inti masalahnya adalah hantaran udara, karena atresia dan kelainan bentuk telinga tengah, pasien memiliki ambang pendengaran di sisi yang terkena dalam kisaran 40-60 dB (normal 0-20 dB). Untungnya, sebagian besar pasien dengan mikrotia memiliki telinga yang normal di sisi yang sehat, dan dengan pendengaran parsial pada telinga yang terkena, pada dasarnya tidak ada efek pada kehidupan sehari-hari dan pembelajaran, kecuali sedikit efek pada lokalisasi pendengaran. Pembedahan untuk mengatasi masalah pendengaran memerlukan pengeboran lubang pada tulang untuk menghindari saraf wajah dan pencangkokan jaringan untuk membentuk membran timpani, tetapi tulang-tulang pendengaran yang mengalami cacat dan menyatu mungkin tidak dapat diperbaiki. Ada juga banyak masalah yang terkait dengan pencangkokan kulit di terowongan tulang. Akibatnya, drainase kronis dan infeksi berikutnya dengan bau yang tidak sedap sering terjadi, dan lubang pada tulang yang telah dibuka (saluran pendengaran eksternal) sering kali menyempit. Meskipun ada perbaikan pendengaran dalam waktu dekat tanpa komplikasi, hasil jangka panjangnya sulit untuk dipertahankan. Selain itu, pasien harus menghindari air dalam liang telinga dan tidak dapat berenang setelah operasi. Dengan adanya keterbatasan pembedahan dan masalah penyembuhan ini, sebagian besar ahli bedah secara internasional percaya bahwa manfaat operasi telinga tengah tidak lebih besar daripada risiko dan komplikasi pasca operasi, sehingga operasi ini hanya digunakan pada pasien dengan telinga kecil di kedua sisi telinga. Beberapa ahli bedah bahkan percaya bahwa jika mereka tidak dapat menangani mikrotia unilateral, mereka tidak boleh melakukan mikrotia bilateral. Bagi mereka yang ingin melakukan operasi pendengaran untuk mikrotia bilateral, umumnya diyakini bahwa rekonstruksi telinga harus dilakukan terlebih dahulu, karena operasi pendengaran akan merusak kulit di area tersebut untuk membentuk bekas luka, yang akan menyulitkan untuk merekonstruksi telinga luar di masa depan. Adapun rekonstruksi telinga luar dan rekonstruksi pendengaran pada saat yang sama operasi, tetapi pada saat yang sama dua operasi, efek satu sama lain terpengaruh, kurang diinginkan, sekarang sulit bagi orang untuk menerima hasil yang tidak begitu baik ini.