Pada permulaan duodenitis, mudah untuk mengacaukannya dengan penyakit gastrointestinal lainnya hanya dari gejalanya saja. Sebagian besar pasien mungkin mengalami berbagai tingkat nyeri epigastrium, yang mungkin ditandai dengan rasa sakit setelah kelaparan, rasa sakit di malam hari dan lega setelah makan, tetapi beberapa pasien juga mengalami peningkatan rasa sakit setelah makan kenyang. Selain itu, dapat disertai dengan gejala-gejala berikut ini: 1. nyeri epigastrium: rasa sakit seperti terbakar atau kelaparan di epigastrium atau glabella, dan lain-lain, yang lebih parah pada saat perut kosong dan dapat berkurang setelah makan dan dapat dengan jelas menunjukkan area yang menyakitkan; 2. kehilangan nafsu makan: pasien dengan rasa kenyang epigastrium dan rasa lapar yang memudar mungkin mengalami berbagai tingkat penurunan asupan makanan, dan dalam kasus yang parah bahkan dapat menjadi anoreksia dan menurunkan berat badan; 3. refluks asam: refluks cairan lambung ke dalam mulut. Hal ini sering terjadi ketika makan, mengejan, mengubah posisi, terutama ketika berbaring atau membungkuk, dan dapat disertai dengan meluapnya cairan empedu dan pankreas; 4. Bersendawa: umumnya dikenal sebagai sendawa, suatu tindakan di mana gas dari perut bergerak mundur ke tenggorokan untuk mengeluarkan suara yang keras; 5. Eruktasi: suatu tindakan di mana tenggorokan sering berbunyi karena kontraksi spasmodik diafragma; 6. Pendarahan saluran pencernaan bagian atas: tinja hitam pekat atau muntah cairan berwarna kopi dapat terjadi. Tinja hitam pekat adalah tinja dengan permukaan mengkilap karena adanya lendir. Bila gejala di atas terjadi, terutama bila disertai pendarahan gastrointestinal, pasien harus mengunjungi rumah sakit untuk mendapatkan diagnosis yang jelas dan pengobatan yang cepat. Karena duodenitis sering dikaitkan dengan penyakit gastrointestinal lainnya seperti gastritis kronis, hepatitis, serta sirosis hati, penyakit empedu atau pankreatitis kronis, dan mungkin sekunder untuk penyakit gastrointestinal seperti penyakit Crohn, tuberkulosis usus, ulkus peptikum, dll., maka lebih penting lagi untuk mengobati penyakit primer dan sekunder secara tepat waktu untuk menghindari konsekuensi yang merugikan.