Secara umum diterima bahwa GIST adalah tumor yang berpotensi ganas dan meskipun pembedahan adalah pengobatan pilihan untuk GIST primer yang dapat direseksi, tingkat kelangsungan hidup 5 tahun untuk pasien dengan GIST setelah reseksi lengkap lesi hanya sekitar 50% dan kurang dari 10% untuk pasien dengan reseksi yang tidak lengkap sebelum obat imatinib yang ditargetkan telah memasuki penggunaan klinis. Berdasarkan hasil studi klinis yang tersedia, saat ini direkomendasikan bahwa pasien dengan risiko kekambuhan menengah atau tinggi harus menerima terapi ajuvan dengan obat imatinib yang ditargetkan setelah operasi. Dalam hal durasi pengobatan, terapi imatinib ajuvan saat ini direkomendasikan selama 2 tahun setelah pembedahan untuk pasien risiko menengah dan 3 tahun untuk pasien risiko tinggi. Namun demikian, telah diamati secara klinis bahwa pada pasien berisiko tinggi, bahkan setelah 3 tahun pengobatan imatinib adjuvan pasca-operasi, pasien masih kambuh enam bulan setelah menghentikan obat. Sebuah penelitian di AS sedang menjajaki kemanjuran imatinib oral berkelanjutan (400mg/d) selama 5 tahun setelah pembedahan. Selain itu, penelitian telah menunjukkan bahwa kemanjuran pengobatan ajuvan dengan imatinib bervariasi antara pasien dengan jenis mutasi genetik yang berbeda, dan pengujian genetik direkomendasikan untuk pasien dengan ekspresi CD117 negatif. Rekomendasi saat ini untuk terapi imatinib adjuvan pasca-operasi adalah 400mg sekali sehari. Pendapat tentang kapan memulai terapi ajuvan sangat berbeda antara sarjana Eropa dan Amerika dan sarjana dalam negeri, yang percaya bahwa obat harus dimulai sedini mungkin setelah operasi. Di Tiongkok, pada umumnya dianjurkan untuk menunggu sampai pasien dapat makan secara normal dan mulai minum obat 10-14 hari setelah pembedahan bagi pasien yang sebagian besar lambungnya telah diangkat, dan 5-7 hari setelah pembedahan bagi pasien yang usus besar dan segmen usus kecilnya telah diangkat.