Atrofi adalah penyakit yang ditandai dengan atrofi epitel dan kelenjar mukosa lambung, penurunan jumlah, penipisan mukosa lambung, penebalan dasar mukosa, atau dengan hiperplasia kelenjar pilorus dan hiperplasia kelenjar usus, dan juga hiperplasia atipikal. Biasanya tidak mempengaruhi harapan hidup pasien dan oleh karena itu tidak ada data klinis yang spesifik. Salah satu faktor penyebabnya adalah bakteri H. pylori. Ketika H. pylori memasuki lambung melalui mulut, sebagian dibunuh oleh asam lambung dan sebagian lagi melekat pada lapisan lendir sinus, menetap di lapisan lendir pada permukaan sel epitel mukosa sinus, dan umumnya tidak menyerang kelenjar lambung atau lamina propria. Urease yang dihasilkan oleh H. pylori dapat memecah urea, dan amonia yang dihasilkan dapat menetralkan asam lambung yang merembes kembali ke dalam lendir, menciptakan lingkungan mikro lokal yang kondusif untuk penyelesaian dan reproduksi H. pylori, membuat infeksi menjadi kronis. Diet tinggi garam dari makanan acar yang mengandung kadar nitrit yang tinggi dapat menyebabkan gastritis atrofi. Selain itu, refluks empedu, stimulasi obat, konsumsi alkohol, faktor kekebalan tubuh, faktor fisik, dan genetika juga dapat berkontribusi pada munculnya penyakit ini. Jika faktor-faktor penyebab ini dihilangkan pada waktunya, gastritis atrofi biasanya tidak mengancam jiwa. Bila lesi meluas lebih dalam ke dalam kelenjar, kelenjar hancur dan berkurang jumlahnya, lamina propria mengalami fibrotik dan mukosa menipis. Risiko terkena kanker lambung meningkat dengan atrofi multifokal yang berpusat pada tanduk lambung dan menyebar ke sinus dan tubuh lambung, tetapi kemungkinan kanker secara keseluruhan tidak besar dan dapat dicegah dengan tindak lanjut yang teratur, pengamatan perubahan, dan pengobatan endoskopi. Oleh karena itu, tidak ada data klinis tentang berapa lama seseorang dapat hidup dengan gastritis atrofi, tetapi penting untuk mencegah risiko kanker, sehingga pengobatan dan pencegahan yang terstandardisasi sangat penting.