Fibrilasi Atrium (AF) dapat menyebabkan pembesaran jantung dan gagal jantung, serta dapat meningkatkan risiko pembekuan darah dan stroke. Karena atrium kehilangan kemampuan untuk berkontraksi secara efektif selama AF, darah cenderung stagnan di atrium, yang kemudian dapat membentuk bekuan darah. Trombus (bekuan) ini pecah dan bergerak bersama darah ke ventrikel dan kemudian dengan darah arteri ke cabang-cabang arteri serebral, di mana ia dapat membentuk emboli otak (yaitu stroke). Jika menjalar ke tungkai, hal ini dapat menyebabkan emboli arteri pada tungkai, yang bisa cukup parah sehingga memerlukan amputasi. Insiden stroke enam kali lebih tinggi pada orang dengan fibrilasi atrium daripada orang normal. Insiden emboli lebih tinggi pada pasien yang berusia di atas 65 tahun dan memiliki riwayat stroke, penyakit hipertensi, diabetes dan gagal jantung. Oleh karena itu, pasien dengan fibrilasi atrium harus ditangani secara agresif. Pada AF primer, paroksismal, dan berumur pendek (<2 tahun), irama sinus harus dipulihkan sejauh mungkin; pada AF permanen, diperlukan antikoagulan yang ketat dan kontrol denyut ventrikel.