Kehamilan ektopik dapat terjadi dengan teknik pembuahan berbantu apa pun, termasuk IVF. Hal ini dikarenakan meskipun embrio ditempatkan ke dalam rongga rahim, embrio masih perlu melakukan perjalanan di sekitar rongga rahim untuk memilih lokasi yang cocok untuk implantasi. Jika embrio berjalan ke tuba falopi, tuba tersebut dapat mengantarkan embrio ke dalam rongga rahim melalui gerakan peristaltik jika berfungsi normal; namun, jika tuba tersebut berfungsi tidak normal (misalnya, terjadi perlekatan radang, stenosis, terlalu panjang dan tipis), kehamilan ektopik dapat terjadi setelah embrio berjalan ke tuba falopi. Selain itu, kemungkinan kehamilan ektopik dapat meningkat jika terdapat peradangan pada endometrium atau perlengketan dalam rongga rahim yang mencegah endometrium menerima embrio.