Perbedaan antara fistula anal tinggi dan fistula anal rendah terutama disebabkan oleh lokasi fistula. Jika lokasi fistula berada di atas ujung dalam sfingter internal, maka disebut fistula anal tinggi. Jika lokasi fistula semuanya berada di bawah sfingter anal dalam yang dalam, maka disebut fistula anal rendah, lokasi fistula akan menentukan perbedaan antara metode bedah, sebagai berikut: 1. Fistula anal rendah: fistula anal rendah karena sfingter yang terlibat lebih sedikit, ketika melakukan pembedahan akan melakukan reseksi fistula anal rendah, seperti mulut bagian dalam dan luar fistula bersama dengan fistula, akan diangkat lebih menyeluruh, karena penghancuran sfingter.