Selain deskripsi klasifikasi dan nama tumor yang spesifik, ukuran tumor, apakah margin telah diangkat dengan bersih atau belum, lokasi dan jumlah metastasis kelenjar getah bening, serta ada tidaknya infiltrasi pada pembuluh darah dan pembuluh getah bening serta jaringan lain, ada juga beberapa indikator imunologis penting yang dapat mengindikasikan prognosis pada patologi pasca operasi kanker payudara, dan analisisnya dapat digunakan untuk memandu pengobatan serta memperkirakan prognosis. Berikut ini adalah penanda imunologi umum yang dapat ditemukan dalam tes di berbagai rumah sakit dan interpretasinya. ER: Reseptor estrogen, tanda positif menunjukkan prognosis yang lebih baik dibandingkan pada pasien yang negatif, semakin banyak tanda positif maka semakin baik. PR: reseptor progesteron, positif menunjukkan prognosis yang lebih baik daripada pasien negatif. ER dan PR terdapat pada sel epitel susu yang normal dan sebagian atau seluruhnya tidak ada ketika sel tersebut menjadi kanker. Jika sel masih memiliki ER dan/atau PR, pertumbuhan dan proliferasi sel kanker payudara masih diatur oleh sekresi endokrin, yang disebut kanker payudara yang bergantung pada hormon; jika ER dan/atau PR tidak ada, pertumbuhan dan proliferasi sel kanker payudara tidak lagi diatur oleh sekresi endokrin, yang disebut kanker payudara yang tidak bergantung pada hormon. Prognosis positif paling baik jika keduanya positif, misalnya, dalam kasus positif dan negatif, kepositifan estrogen lebih baik daripada kepositifan progesteron. Keduanya negatif memiliki prognosis yang buruk. Mereka yang positif dapat diobati dengan terapi endokrin setelah atau sebelum pembedahan. Her-2 (CerbB-2): Reseptor faktor pertumbuhan epidermal manusia 2, sebuah proto-onkogen. Ekspresi berlebih, yaitu adanya tanda plus, menunjukkan bahwa pasien memiliki prognosis yang buruk. Hal ini juga menunjukkan bahwa pasien rentan terhadap metastasis kelenjar getah bening ketiak dan mungkin kekurangan kedua reseptor hormon ini. Ekspresi hormon ini rendah pada jaringan payudara normal, tetapi tingkat ekspresinya dapat meningkat pada jaringan kanker payudara. Ekspresinya berkorelasi positif dengan tingkat kanker payudara, metastasis kelenjar getah bening, dan stadium klinis, dan semakin tinggi tingkat ekspresinya, semakin buruk prognosisnya. Namun, mereka yang memiliki dua tanda plus atau lebih pada tes Fish memiliki potensi untuk terapi yang ditargetkan secara biologis. Yaitu, dengan trastuzumab (Herceptin). Ketiganya adalah pasien negatif dengan apa yang sekarang disebut kanker payudara “triple-negative”, yang memiliki prognosis yang relatif buruk dan tidak memiliki terapi obat. E-Cadherin: E-Cadherin adalah isoform protein transmembran dari keluarga molekul calreticulin dan diekspresikan di persimpangan adherens, di mana ia penting untuk pemeliharaan integritas, polaritas, morfologi, dan organisasi sel epitel. Ekspresi yang tinggi menunjukkan prognosis yang baik. Indeks Ki-67: antigen proliferasi yang merespons proliferasi sel, ekspresinya dikaitkan dengan perkembangan dan progresivitas kanker payudara dan merupakan faktor prognosis yang buruk. Semakin tinggi nilainya, semakin buruk prognosisnya. P53: gen penekan tumor, yang mutasinya mengindikasikan prognosis yang buruk. Sel kanker payudara dengan tingkat mutasi P53 yang tinggi memiliki aktivitas proliferasi yang tinggi, diferensiasi yang buruk, tingkat keganasan yang tinggi, tingkat invasi yang tinggi, dan tingkat metastasis kelenjar getah bening yang tinggi. CK5/6: CK5/6 adalah protein sitokeratin, semakin tinggi tingkat histologis dan semakin tinggi stadium tumor, semakin tinggi tingkat ekspresinya, dan secara umum prognosis positifnya buruk. EGFR: reseptor faktor pertumbuhan epidermal, semakin tinggi tingkat histologis dan semakin tinggi stadium tumor, semakin tinggi tingkat ekspresinya, secara umum, juga positif, menunjukkan prognosis klinis yang buruk. VEGF: faktor pertumbuhan endotel vaskular, ekspresi yang tinggi menunjukkan prognosis yang buruk. TOP-II: DNA topoisomerase II, ekspresi yang tinggi menunjukkan proliferasi dan keganasan tumor yang tinggi.