Perbedaan antara infeksi bakteri dan virus terutama disebabkan oleh penyebab, gejala, prognosis dan perubahan darahnya. Pertama-tama, pilek bakteri disebabkan oleh infeksi bakteri, kebanyakan Streptococcus pneumoniae dan Staphylococcus aureus. Timbulnya pilek bakteri dapat dilihat sepanjang musim dan sering disebarluaskan. Penyebab pilek virus adalah virus, terutama virus influenza. Hal ini lebih umum terjadi pada musim dingin di utara dan pada musim panas dan musim dingin di selatan. Pilek bakteri terutama ditandai dengan gejala infeksi saluran pernapasan bagian atas, seperti sakit tenggorokan, amandel bengkak, hidung tersumbat dan berair, sakit kepala, dahak, batuk dan dahak lengket. Pilek akibat virus jarang memiliki manifestasi inflamasi, tetapi terutama ditandai oleh lesi hidung, seperti pilek, cairan yang tidak bernanah, dll. Tergantung pada virusnya, lesi kornea dan gastrointestinal juga mungkin ada. Dalam hal prognosis, pilek bakteri lebih mudah disembuhkan dan kecil kemungkinannya untuk kambuh kembali, dengan peningkatan sel darah putih dan neutrofil dan penurunan limfosit. Pilek akibat virus lebih kecil kemungkinannya untuk disembuhkan dan lebih mungkin kambuh, dengan peningkatan limfosit dan penurunan neutrofil. Keduanya dapat dibedakan terutama dari gejalanya, dan penting untuk mengidentifikasi apakah infeksinya bakteri atau virus sebelum memilih obat yang tepat untuk mengobatinya.