Kebutuhan rawat inap dan lama rawat inap tergantung pada tingkat keparahan kondisinya. Pasien dengan kondisi yang stabil dapat diobati dengan obat secara rawat jalan dan tidak perlu dirawat di rumah sakit. Jika pasien berada dalam fase akut penyakit ini, ia perlu dirawat di rumah sakit selama sekitar 1-2 minggu untuk menstabilkan kondisinya. Dalam kasus pendarahan usus, perforasi usus dan obstruksi usus, pembedahan bahkan mungkin diperlukan dan masa rawat inap di rumah sakit bisa diperpanjang hingga 3-4 minggu. Pengobatan tuberkulosis usus mirip dengan tuberkulosis paru, di mana obat anti-tuberkulosis seperti isoniazid dan rifampisin digunakan, dan pengobatan sering kali memakan waktu 6-9 bulan, atau dalam beberapa kasus lebih dari 1 tahun. Selama pengobatan anti-tuberkulosis, tes darah rutin, fungsi hati, fungsi ginjal dan asam urat darah perlu diulang setiap 1-2 minggu untuk mengamati efek samping toksik obat, dan fluoroskopi barium meal dan kolonoskopi perlu diulang setiap 1-2 bulan untuk menilai kemanjuran obat. Diagnosis dini dan pengobatan tuberkulosis usus, pemilihan obat anti-tuberkulosis yang rasional dan pengobatan lengkap adalah kunci prognosis. Prognosis umumnya baik dan tidak memengaruhi harapan hidup. Jika terdapat komplikasi serius, prognosis umumnya buruk. Karena TBC usus adalah penyakit wasting kronis, pengelolaan kehidupan sehari-hari berfokus pada pengaturan pola makan. Pasien disarankan untuk mendistribusikan berbagai nutrisi dengan cara yang wajar dan seimbang pada setiap kali makan, untuk melengkapi nutrisi yang memadai dan makan makanan tinggi protein dan serat.