Waktu pengobatan tuberkulosis usus mirip dengan tuberkulosis paru, dan sebagian besar pasien dapat disembuhkan jika terdeteksi pada tahap awal dan menerima pengobatan anti-tuberkulosis standar tepat waktu, dan jika mereka mengikuti petunjuk dokter dan bersikeras untuk minum obat secara teratur. Secara umum, dibutuhkan 6-9 bulan pengobatan, dan beberapa pasien bahkan membutuhkan lebih dari 1 tahun pengobatan. Saat ini, obat-obatan kimiawi merupakan pengobatan yang lebih disukai untuk TBC usus, dan perawatan bedah mungkin diperlukan dalam kombinasi dengan perdarahan usus, perforasi usus dan obstruksi usus. Obat terapi yang umum digunakan untuk tuberkulosis usus termasuk isoniazid, rifampisin, etambutol, streptomisin, dan sebagainya. Durasi rejimen kemoterapi standar untuk pasien yang baru pertama kali menjalani kemoterapi biasanya 6 bulan, dibagi menjadi 2 fase, yaitu periode intensif selama 2 bulan dan periode konsolidasi selama 4 bulan; rejimen standar untuk pasien yang menjalani pengobatan ulang biasanya 8 bulan, juga dibagi menjadi 2 fase, yaitu periode intensif selama 3 bulan dan periode konsolidasi selama 5 bulan, yang dapat disesuaikan dengan tepat sesuai dengan penggunaan obat tertentu selama pengobatan. Selama pengobatan anti-tuberkulosis, pasien perlu melakukan pemeriksaan darah rutin, fungsi hati, fungsi ginjal, asam urat darah, dll. setiap 1-2 minggu untuk mengamati efek samping toksik dari obat, serta melakukan pemeriksaan fluoroskopi barium meal dan enteroskopi setiap 1-2 bulan untuk menilai keampuhan obat. Diagnosis dan pengobatan dini, serta pilihan obat anti-tuberkulosis yang tepat dan memastikan jumlah dan cara pengobatan yang memadai adalah kunci untuk menentukan prognosis. Jika lesi dapat disembuhkan setelah pengobatan dini dan tepat waktu, prognosis umum baik dan tidak akan mempengaruhi harapan hidup; jika disertai dengan komplikasi serius, prognosis umum buruk. Pasien juga harus memperhatikan makanan kecil, makan lebih banyak makanan yang lembut, mudah dicerna, bergizi, terutama nasi dan mie, protein suplemen sedang, tidak makan kacang-kacangan, cabai dan makanan lainnya, berhenti merokok dan alkohol.