Untuk kista hati yang terisolasi, kecuali jika terjadi komplikasi seperti pecahnya kista, torsi pedikel kista, atau perdarahan intrakistik, penanganan bedah darurat, pembedahan elektif perlu dilakukan berdasarkan ukuran dan lokasi kista, serta kondisi umum pasien dan kesadaran akan gejalanya. Kista hati terisolasi tanpa gejala yang kadang-kadang ditemukan selama pemeriksaan fisik dapat diobati sementara secara konservatif, dengan pengamatan rutin melalui ultrasonografi, dan perlu diwaspadai terhadap terjadinya perubahan keganasan. Kista hati yang besar dengan gejala-gejala paling baik ditangani melalui pembedahan, karena penanganan konservatif seperti tusukan dan aspirasi biasanya rentan kambuh dan membawa kemungkinan kontaminasi bakteri. Hati polikistik biasanya harus ditangani secara non-bedah, dan karena lesi melibatkan seluruh hati, penyakit ini tidak dapat disembuhkan kecuali dengan transplantasi hati. Namun, bila hati polikistik mempengaruhi sirkulasi pernapasan akibat hepatomegali yang menekan dada dan perut, dekompresi bedah harus dipertimbangkan. Tergantung pada kondisi spesifik, metode pembedahan berikut ini dapat digunakan: 1, hepatektomi; 2, sistektomi; 3, pembukaan kista atau reseksi besar kista; 4, drainase internal kista; 5, tusukan kista dan skleroterapi. Pembedahan hati polikistik: kecuali jika lesi terbatas pada satu lobus hati, dan disertai dengan gejala; atau dicurigai adanya perubahan ganas, umumnya tidak menganjurkan perawatan bedah. Ketika kista individu ditemukan membesar dengan cepat, menekan organ-organ di sekitarnya dan secara serius memengaruhi kehidupan sehari-hari atau fungsi kardiorespirasi pasien, maka pungsi dan aspirasi kista yang lebih besar dapat dilakukan. Jika kondisi umum pasien baik dan fungsi hati normal, operasi jendela juga dapat dilakukan untuk mengurangi tekanan, meringankan gejala dan mendorong regenerasi sel hati. Transplantasi hati dapat dilakukan jika memungkinkan untuk membasmi penyakit ini sepenuhnya. Pengobatan hati polikistik yang dikombinasikan dengan ginjal polikistik: pengobatan hati polikistik mengacu pada skema di atas. Bila tidak ada gejala ginjal polikistik, fungsi ginjal dapat diamati dan diperiksa secara teratur. Jika muncul gejala (seperti nyeri pinggang, hematuria, hipertensi, gagal ginjal, dll.), perawatan bedah diperlukan, termasuk menusuk atau mengiris kista untuk mengurangi tekanan kista, yang kadang-kadang dapat menunda perkembangan lesi dan gagal ginjal, dan terapi dialisis jika perlu. Penyembuhan radikal memerlukan transplantasi ginjal.