Alat kelamin pria dapat dibagi menjadi dua bagian: alat kelamin luar dan alat kelamin dalam. Yang pertama meliputi skrotum, penis, testis, epididimis, dan vas deferens; yang terakhir terutama mencakup prostat, vesikula seminalis, dan kelenjar uretra, yang bersama-sama menjalankan serangkaian fungsi seperti produksi dan transportasi sperma dan air mani serta sekresi hormon seks pria. Ketika penis dalam keadaan lembek, penis menggantung di depan perineum, dan ketika dirangsang, korpus kavernosum dan korpus uretra menjadi membesar dengan darah dan tegak, sehingga memungkinkan terjadinya hubungan seksual. Testis terutama mengandung tubulus spermatogenik, yang bertanggung jawab untuk produksi sperma, dan sel-sel interstitial, yang mengeluarkan androgen. Epididimis mengandung saluran epididimis, yang merupakan tabung pengangkut dan tempat penyimpanan sperma dan merupakan tempat pematangan sperma. Epididimis memiliki fungsi penyerapan, sekresi, dan konsentrasi, yang menyediakan kondisi untuk penyimpanan dan pematangan sperma. Kelainan pada fungsi epididimis dapat menyebabkan gangguan pematangan sperma, yang mengakibatkan infertilitas. Vas deferens terhubung ke saluran epididimis dan memiliki fungsi mengangkut sperma. Kelenjar prostat adalah kelenjar aksesori terbesar dalam tubuh pria dan fungsi utamanya adalah mengeluarkan cairan prostat. Ukuran kelenjar prostat sangat kecil selama masa kanak-kanak, tetapi setelah pubertas ukurannya mulai membesar, dan umumnya pada usia sekitar 50 tahun, ukurannya mulai berubah. Ukuran normal prostat adalah sekitar 3,5 cm dengan diameter dari kiri ke kanan, 2,5 cm dengan diameter dari depan ke belakang, 2,5 cm dengan diameter dari atas ke bawah dan beratnya sekitar 20 gram. Cairan prostat diekskresikan ke uretra melalui saluran prostat yang terbuka di uretra dan merupakan bagian penting dari air mani, menyumbang sekitar sepertiga dari total air mani, dan memainkan peran penting dalam kesuburan pria; selain itu, ia mengeluarkan hormon seperti prostaglandin; itu juga terlibat dalam komposisi sfingter internal uretra dan dapat mengontrol buang air kecil. Kelenjar vesikula seminalis, yang mengeluarkan cairan mani dan menyimpan air mani, masing-masing terhubung ke saluran ejakulasi dan vas deferens. Otot-otot prostat dan kelenjar vesikula seminalis berkontraksi selama ejakulasi, menekan isi vas deferens dan kelenjar vesikula seminalis melalui saluran ejakulasi ke dalam uretra posterior dan keluar dari tubuh.