Probiotik untuk dispepsia fungsional efektif untuk beberapa pasien. Probiotik mengandung berbagai probiotik usus, seperti Bifidobacterium atau Lactobacillus acidophilus, yang dapat melengkapi flora fisiologis usus, membangun kembali keseimbangan mikro-ekologi usus dan mengurangi reproduksi bakteri patogen. Bagi sebagian pasien, ini dapat memperbaiki gejala ketidaknyamanan postprandial, seperti perut kembung, sakit perut, nafsu makan yang buruk dan pencernaan yang buruk. Ini lebih efektif bila digunakan dalam kombinasi dengan obat gastro-dinamis dan enzim pencernaan lainnya.