Pengobatan kista endometriosis di ovarium meliputi pembedahan dan pengobatan. Perawatan bedah secara umum mencakup bedah laparoskopi dan bedah terbuka. Perawatan bedah terbuka meliputi debulking kista cokelat ovarium terbuka dan reseksi adneksa terbuka pada sisi yang terkena. Pembedahan laparoskopi meliputi pengangkatan laparoskopi kista cokelat ovarium dan eksisi laparoskopi adneksa yang terkena. Untuk kista cokelat ovarium, debulking kista cokelat secara terbuka atau laparoskopi biasanya dipilih jika pasien memiliki persyaratan kesuburan dan merupakan wanita muda. Untuk wanita tanpa persyaratan kesuburan atau wanita pasca-menopause, eksisi adneksa yang terkena dapat dipertimbangkan.