Ada perbedaan tertentu antara endometriosis dan kista coklat, perbedaan utamanya adalah sebagai berikut: pertama, endometriosis mengacu pada jaringan endometrium yang muncul di luar rongga rahim dan merupakan reaksi lesi; kista coklat mengacu pada endometrium yang muncul pada ovarium untuk membentuk kista, kedua penyakit ini diproduksi di lokasi yang berbeda. Kedua, kista coklat adalah gejala endometriosis. Meskipun kedua penyakit tersebut menghasilkan nyeri haid, namun lokasi rasa sakitnya berbeda: endometriosis terletak di rongga panggul dan ketika hubungan seksual berlangsung, menghasilkan reaksi nyeri yang signifikan; pasien kista coklat memiliki reaksi nyeri yang tidak terlalu jelas selama hubungan seksual. Ketiga, metode pengobatan untuk kedua penyakit tersebut berbeda, dan lokasi tempat obat bekerja juga berbeda, sehingga diperlukan pemeriksaan yang tepat waktu untuk menentukan pengobatan yang tepat.