Tingkat kekambuhan setelah operasi untuk kista coklat masih sangat tinggi. Untuk mencegah kekambuhan, pengobatan sering dilakukan dengan Tamiflu, yang biasanya diberikan selama tiga sampai enam bulan untuk mencegah kekambuhan. Setelah IUD dimasukkan ke dalam rongga rahim, endometrium akan menyusut, menyebabkan berkurangnya aliran menstruasi dan akhirnya amenorea, dan lesi endometriosis juga akan menyusut, sehingga mencegah kekambuhan. IUD berlaku selama lima tahun dan dapat diganti dengan IUD baru jika pengobatan atau kontrasepsi masih diperlukan setelah lima tahun.