Kista cokelat adalah jenis kista khusus yang terbentuk di ovarium seperti cokelat. Kista ini mencakup antara 17% dan 44% kasus endometriosis dan dapat menyulitkan untuk hamil jika tidak dilakukan pembedahan. Pertama, endometriosis adalah penyebab sebagian besar ketidaksuburan pada 1/3 dari semua kasus dan memang benar bahwa kehamilan tidak mudah dengan kista coklat, dan bahkan setelah kehamilan ada risiko keguguran karena penyakit ini dapat merusak distribusi pembuluh darah di ovarium dan mengurangi respons ovarium terhadap hormon gonadotropik, yang menyebabkan penurunan kualitas telur yang cepat dan mengganggu pembuahan telur. Hal ini juga dapat mengurangi respons ovarium terhadap hormon gonad dan menyebabkan penurunan kualitas sel telur dengan cepat, sehingga mengganggu pembuahan. Kedua, meskipun kista coklat telah menjadi faktor infertilitas, masih ada orang yang bisa hamil, tetapi kemungkinannya rendah. Untuk melindungi kesehatan reproduksi wanita, saran medis saat ini tidak merekomendasikan operasi sebelum melahirkan, melainkan pengobatan konservatif. Kista coklat dapat mempengaruhi kesuburan, tetapi pembedahan umumnya tidak dianjurkan untuk kista coklat sebelum kesuburan. Namun, jika kista coklat pasien telah melebihi standar yang biasa, kista coklat harus disterilisasi dan diuji secara ketat untuk menghindari kemandulan, dan pasien harus menerima perawatan tepat waktu.