Kista coklat dapat mempengaruhi kehamilan. Kista cokelat ovarium adalah bentuk ovarium endometriosis, dengan sekitar 80% lesi yang melibatkan satu sisi dan 50% pasien memiliki keterlibatan ovarium bilateral. Endometrium ektopik menyebabkan perdarahan berkala, yang pada gilirannya menyebabkan ovarium membesar dan membentuk kista tunggal atau multipel. Kista cenderung berdiameter 5-6 cm, dengan diameter terbesar sekitar 25 cm. Kista mengandung darah tua berwarna coklat, lengket, yang menyerupai pasta coklat, sehingga dinamakan kista coklat ovarium. Setelah kista cokelat pecah, isinya dapat mengiritasi peritoneum lokal, yang menyebabkan peradangan lokal dan fibrosis jaringan, yang mengakibatkan perlekatan yang erat antara ovarium dan jaringan di sekitarnya, membatasi pergerakan ovarium yang tetap di rongga panggul dan, jika ini menyebabkan adhesi tuba atau atresia, dapat menyebabkan infertilitas. Selain itu, jika kista endometriotik ovarium yang besar pecah, isinya dapat mengalir ke dalam rongga panggul dan pasien dapat mengalami nyeri perut yang tiba-tiba dan parah, disertai mual dan muntah, yang dapat menyebabkan perut akut. Untuk kista cokelat yang lebih besar yang menyebabkan infertilitas, perawatan bedah seperti operasi laparoskopi untuk mengangkat lesi adalah pilihan, dan kehamilan dapat diikuti sesegera mungkin. Dalam kasus kista cokelat yang lebih kecil, yang tidak terlalu berdampak pada kesuburan, kehamilan dapat dipersiapkan secara aktif di bawah bimbingan dokter kandungan.