Kista coklat rentan terhadap infertilitas setelah pengobatan atau pembedahan. Jika infertilitas terjadi, pengobatan utama adalah untuk mengatasi penyebabnya. Dalam kasus di mana tuba falopi tidak dapat diakses, obat atau operasi dapat digunakan untuk membuka blokir tuba falopi, karena sebagian besar tuba falopi yang tidak dapat diakses disebabkan oleh peradangan. Obat anti-inflamasi atau obat-obatan herbal Cina dapat diberikan secara oral, seperti butiran Vajra Vine dan kapsul Kun Fu Kang. Jika pengobatannya adalah untuk meningkatkan ovulasi karena gangguan ovulasi, Anda dapat mengonsumsi kapsul clomiphene atau tablet letrozole secara oral. Jika efek pengobatan atau pembedahan tidak baik, teknologi reproduksi berbantuan juga dapat dilakukan untuk membantu wanita hamil sesegera mungkin.