Kista coklat adalah manifestasi dari endometriosis, tetapi endometriosis tidak hanya mencakup kista coklat. Endometriosis dapat terjadi di daerah selain rahim, paling umum di ovarium bilateral, yang dapat menyebabkan kista coklat, dan dapat terjadi di perut, sayatan perut, vagina, dan leher rahim. Tanda-tanda khas endometriosis adalah nyeri haid dan perdarahan vagina yang abnormal. Endometriosis cenderung mempengaruhi haid dan juga dapat mempengaruhi kehamilan. Pasien yang didiagnosis dengan endometriosis perlu diobati secara agresif dan pengobatan yang paling umum untuk kista coklat adalah pembedahan, diikuti dengan pengobatan untuk mengontrol menstruasi untuk menghindari kambuhnya lesi.