Ada dua jenis reaksi merugikan terhadap transfusi darah, yaitu reaksi merugikan dini dan reaksi merugikan lanjut. Reaksi merugikan dini secara garis besar terkait dengan dua faktor, yang pertama adalah reaksi yang terkait dengan kualitas input darah, dengan empat jenis reaksi, seperti demam, alergi, hemolisis, dan kontaminasi bakteri. Yang kedua terkait dengan transfusi darah dalam jumlah besar yang cepat, dengan gagal jantung, kecenderungan untuk mengalami perdarahan dan ketidakseimbangan keseimbangan asam-basa. Komplikasi akhir yang utama adalah hepatitis B, hepatitis C, malaria, sifilis, dan AIDS.