Memakai lensa kontak untuk jangka waktu yang lama atau saat tidur dapat mencegah kornea bersentuhan dengan udara, sehingga mengakibatkan kurangnya oksigen di mata, mirip dengan “reaksi dataran tinggi” tubuh manusia, yang mengakibatkan mata merah, sakit mata, dan penglihatan kabur. Pemakaian lensa kontak yang berkepanjangan dapat menyebabkan sindrom mata kering. Protein yang tersimpan pada lensa kontak dapat menyebabkan reaksi alergi yang dikenal sebagai “konjungtivitis makropapilaris,” yang dapat ditandai dengan mata gatal, terbakar dan cairan kental bernanah. Pelepasan lensa kontak yang tidak benar atau memakai lensa kontak yang tidak sesuai dengan kornea dapat menyebabkan abrasi epitel kornea dan bahkan infeksi bakteri dan amuba sekunder, yang mengakibatkan kehilangan penglihatan yang tidak dapat dipulihkan. Pemakaian lensa kontak jangka panjang juga dapat menyebabkan kelumpuhan ujung saraf di kornea, yang mengakibatkan penurunan persepsi kornea.