Selain klasifikasi spesifik tumor, ukuran tumor, kebersihan margin, lokasi dan jumlah metastasis kelenjar getah bening dan ada tidaknya infiltrasi pada pembuluh limfatik vaskular dan jaringan lainnya, ada juga indikator imunologi penting yang dapat menunjukkan prognosis, yang dapat dianalisis untuk memandu pengobatan dan memperkirakan prognosis. Berikut ini adalah indikator imunologi umum yang mungkin ada dalam berbagai tes rumah sakit dan interpretasinya, hanya untuk tujuan informasi. ER: Reseptor estrogen, positif menunjukkan prognosis yang lebih baik daripada pasien negatif, semakin banyak tanda plus semakin baik. PR: reseptor progesteron, positif menunjukkan prognosis yang lebih baik daripada pasien negatif. ER dan PR hadir dalam sel epitel payudara normal dan sebagian atau seluruhnya tidak ada ketika sel menjadi kanker. Jika ER dan/atau PR masih ada, pertumbuhan dan proliferasi sel kanker payudara masih diatur oleh kontrol endokrin dan disebut kanker payudara yang tergantung hormon; jika ER dan/atau PR tidak ada, pertumbuhan dan proliferasi sel kanker payudara tidak lagi diatur oleh kontrol endokrin dan disebut kanker payudara yang tidak tergantung hormon. Prognosis terbaik jika keduanya positif, misalnya jika satu positif dan satu negatif, estrogen-positif lebih baik daripada progestin-positif. Prognosis negatif untuk keduanya tidaklah baik. Kasus positif dapat diobati dengan terapi endokrin pascaoperasi atau praoperasi. Her-2 (CerbB-2): Reseptor faktor pertumbuhan epidermal manusia 2, proto-onkogen. Ekspresi berlebihnya, yaitu adanya tanda plus, menunjukkan bahwa pasien memiliki prognosis yang buruk. Hal ini juga menunjukkan bahwa pasien rentan terhadap metastasis kelenjar getah bening aksila dan kemungkinan kekurangan kedua reseptor hormon ini. Ekspresinya berkorelasi positif dengan tingkat kanker payudara, metastasis kelenjar getah bening dan stadium klinis, dan semakin tinggi tingkat ekspresinya, semakin buruk prognosisnya. Namun demikian, mereka yang memiliki dua atau lebih tanda plus pada tes Fish memiliki potensi untuk terapi yang ditargetkan secara biologis. Yaitu, dengan trastuzumab (Herceptin). Ketiganya adalah pasien negatif dan sekarang secara medis dikenal sebagai kanker payudara “triple negatif”, yang memiliki prognosis yang relatif buruk dan tidak memiliki pengobatan obat. E-Cadherin: E-Cadherin adalah anggota subtipe protein transmembran dari keluarga molekul protein adhesi kalsium, yang terkonsentrasi di persimpangan adherens dan memainkan peran penting dalam menjaga integritas, polaritas, morfologi dan organisasi sel epitel. Ekspresi yang tinggi menunjukkan prognosis yang baik. Indeks Ki-67: antigen proliferatif yang merespons proliferasi sel, ekspresinya dikaitkan dengan perkembangan dan perkembangan kanker payudara dan merupakan faktor prognostik yang buruk. Semakin tinggi nilainya, semakin buruk prognosisnya. P53: Gen penekan tumor, mutasi yang mengindikasikan prognosis yang buruk; sel kanker payudara dengan tingkat mutasi P53 yang tinggi sangat proliferatif, berdiferensiasi buruk, sangat ganas, agresif dan memiliki tingkat metastasis kelenjar getah bening yang tinggi. CK5/6: Protein sitokeratin dengan tingkat ekspresi yang lebih tinggi dengan tingkat histologis dan stadium tumor yang lebih tinggi, dengan prognosis positif secara keseluruhan. EGFR: Reseptor faktor pertumbuhan epidermal. Semakin tinggi kelas histologis dan semakin tinggi stadium tumor, semakin tinggi tingkat ekspresi, dan prognosis positif secara keseluruhan. VEGF: Faktor Pertumbuhan Endotel Vaskular, ekspresi yang tinggi menunjukkan prognosis yang buruk. TOP-II: DNA topoisomerase II, ekspresi yang tinggi menunjukkan proliferasi tumor yang tinggi dan keganasan. PCNA: antigen nuklir sel yang berproliferasi, positif untuk prognosis buruk. P170: gen resistan multidrug yang ekspresi berlebihnya merugikan pengobatan. nm23: gen yang terkait dengan metastasis tumor ganas. Tingkat ekspresi gen yang berkurang merupakan faktor risiko tinggi untuk metastasis limfatik kanker payudara. Her-1: mirip dengan Her-2 pada bagian sebelumnya, kurang positif. Ploidi DNA: aneuploidi memprediksi tumorigenesis. CD44V6: protein yang ekspresinya tinggi menunjukkan prognosis yang buruk. Ck14, Ck17 dan CK7: memiliki standar referensi yang sama dengan Ck5/6 sebelumnya. Bcl-2: adalah gen penekan apoptosis, ekspresi positifnya menunjukkan tingkat penilaian tumor yang tinggi dan sedikit metastasis kelenjar getah bening. PS2: PS2 mungkin lebih berguna daripada tes ER dalam memprediksi respons terhadap terapi endokrin, dan ekspresi PS2 adalah indikator terbaik dari respons terhadap terapi endokrin pada kanker payudara.