Sebagian besar pemulihan dari ensefalitis virus tidak mempengaruhi IQ.
Prognosis tergantung pada tingkat keparahan penyakit dan ketepatan waktu pengobatan. Prognosisnya buruk jika penyakit ini tidak diobati dengan terapi antivirus, jika pengobatan tidak tepat waktu atau tidak memadai, dan jika penyakitnya parah.
Namun demikian, sebagian besar pasien yang diobati dengan obat antivirus yang memadai dalam beberapa hari setelah timbulnya penyakit atau yang memiliki bentuk penyakit yang lebih ringan, dapat disembuhkan. Namun demikian, sekitar 10% pasien mungkin mengalami berbagai tingkat gangguan kognitif, epilepsi, kelumpuhan dan gejala sisa lainnya.