1. Radang usus infeksi akut: disebabkan oleh berbagai infeksi bakteri. Sering kali terdapat ciri-ciri epidemiologis (misalnya riwayat makanan yang tidak bersih atau kontak dengan daerah yang terinfeksi), onset akut dengan demam dan sakit perut, dapat sembuh sendiri (biasanya beberapa hari hingga seminggu, tidak lebih dari 6 minggu); obat antiinflamasi efektif; diagnosis dikonfirmasi dengan mendeteksi patogen dalam tinja. 2. Enteropati amuba: ciri-ciri epidemiologis, tinja seperti selai, ulkus kolonoskopi yang dalam dengan batas bawah, diselingi dengan mukosa yang tampak normal. Pengobatan anti-amoeba efektif pada kasus yang sangat dicurigai. 3. Schistosomiasis usus: riwayat pajanan, seringkali dengan hepatomegali dan splenomegali. Diagnosis definitif tergantung pada pemeriksaan tinja yang positif untuk telur schistosom atau trikuris yang menetas; pada fase akut, proktoskopi usus besar rektosigmoid menunjukkan butiran kuning kecoklatan pada mukosa, dan biopsi tekanan mukosa atau histopatologi menunjukkan adanya telur schistosom. Tes imunologi berguna untuk diferensiasi. 4. Lainnya: tuberkulosis, enteritis jamur, enteritis terkait antibiotik (termasuk enteritis pseudomembran), kolitis iskemik, enteritis radiasi, enteritis eosinofilik, purpura alergi, kolitis kolagen, leukosis, poliposis kolon, divertikulitis kolon, dan infeksi human immunodeficiency virus (HIV) yang dikombinasikan dengan lesi kolon harus dibedakan dengan penyakit ini. Penting juga untuk dicatat bahwa perubahan inflamasi ringan pada rektum pada kolonoskopi yang tidak memenuhi kriteria diagnostik lain untuk UC sering kali tidak spesifik dan harus diselidiki secara hati-hati untuk mengetahui etiologi dan dipantau untuk perubahan kondisi.