Bedah spina bifida adalah prosedur invasif minimal, di mana dokter spesialis menggunakan teknik mikroskopis untuk memisahkan saraf dan jaringan lain secara tepat. Karena banyak jaringan yang sulit dibedakan dengan mata telanjang, teknik mikroskopis diperlukan untuk membantu dokter bedah memisahkan jaringan abnormal secara akurat tanpa merusak saraf normal, sehingga dapat secara efektif mengurangi komplikasi pasca operasi. Pada saat yang sama, semakin lama operasi berlangsung, semakin lama luka terpapar, semakin besar kemungkinan terjadinya infeksi, dan oleh karena itu, operasi harus dilakukan sesingkat mungkin. Langkah berikutnya adalah menentukan waktu operasi. Hasil pembedahan berkaitan erat dengan usia anak, dan secara umum, semakin dini pembedahan dilakukan, semakin baik hasilnya. Jika waktu yang tepat tertunda, maka akan sulit untuk memperbaiki gejala-gejala yang ada ketika anak sudah lebih besar atau bahkan dewasa, ketika saraf sudah berkembang dan stabil. Perawatan pasca operasi juga merupakan aspek yang penting. Sayatan biasanya dilakukan di daerah lumbosakral, yang terhubung ke kanal tulang belakang lumbal dan berdekatan dengan anus dan uretra, dan anak harus tetap berada dalam posisi tengkurap untuk waktu yang lama setelah operasi. Jika buang air besar anak tidak ditangani dengan benar, dan jika daya tahannya lemah, ia dapat dengan mudah mengotori sayatan dan menyebabkan infeksi. Jika infeksi menembus lebih dalam ke kanal tulang belakang, maka dapat menyebabkan infeksi sumsum tulang belakang pusat. Oleh karena itu, penting bagi anak untuk dirawat tidak hanya dengan menangani tinja dan buang air besar, tetapi juga dengan memeriksa dan mengganti popok tepat waktu, menggunakan tambalan anti infeksi yang tahan air pada sayatan dan mendisinfeksi sayatan.