Ada tiga komplikasi yang umum terjadi setelah operasi spina bifida pediatrik: hematoma dan infeksi pada sayatan bedah, infeksi pada sistem saraf pusat, dan disfungsi anggota gerak akibat kerusakan saraf. Karena spina bifida sering dikaitkan dengan lipoma sumsum tulang belakang atau lesi seperti emboli sumsum tulang belakang atau kista intradural, jika tidak dipisahkan dengan benar dari selaput tulang belakang dan sumsum tulang belakang selama pembedahan, maka lesi ini dapat dengan mudah merusak jaringan saraf dan menyebabkan disfungsi sumsum tulang belakang atau memperparah gejala yang ada.