Sebagian besar pemulihan dari ensefalitis virus tidak mempengaruhi IQ.
Prognosis tergantung pada tingkat keparahan penyakit dan ketepatan waktu pengobatan. Prognosis penyakit ini buruk tanpa terapi antivirus, dengan pengobatan yang tidak tepat waktu atau tidak memadai, dan dengan penyakit yang parah.
Namun demikian, sebagian besar pasien yang diobati dengan obat antivirus yang memadai dalam beberapa hari setelah timbulnya penyakit atau yang memiliki bentuk penyakit yang lebih ringan, dapat disembuhkan. Namun demikian, sekitar 10% pasien dapat mengalami berbagai tingkat gangguan kognitif, epilepsi, kelumpuhan, dan gejala sisa lainnya.