Sebagian besar pasien dengan ensefalitis virus umumnya dapat disembuhkan tanpa gejala sisa setelah intervensi klinis awal dan agresif.
Pada beberapa pasien, penyakit ini parah dan dapat berkembang dengan cepat yang menyebabkan epilepsi persisten dan hipertensi intrakranial, menyebabkan kegagalan pernafasan dan peredaran darah dan mengancam kehidupan pasien. Beberapa pasien mengalami kerusakan permanen pada parenkim otak akibat invasi virus, menyebabkan serangkaian gejala neurologis seperti status epileptikus yang persisten dan gangguan gerakan anggota tubuh. Oleh karena itu, pengobatan antivirus dini dan tepat waktu serta pengobatan suportif simtomatik sangatlah penting.