Gangguan identitas seksual mengacu pada persepsi anak tentang jenis kelamin dan perilaku yang bertentangan dengan karakteristik anatomis yang sebenarnya. Misalnya, seorang anak laki-laki (perempuan) lebih suka mengenakan pakaian perempuan (laki-laki), berperilaku seolah-olah ia adalah anak perempuan (laki-laki) atau terus-menerus menyangkal bahwa tubuhnya memiliki ciri-ciri anatomis seperti anak laki-laki (perempuan). Pada usia sekitar 2 tahun, anak normal dapat membedakan secara samar apakah anak lain sama dengan dirinya atau berbeda dengan dirinya, dan cenderung lebih menyukai anak dengan jenis kelamin yang sama. Pada usia sekitar 3 tahun, mereka dapat mengidentifikasi diri mereka sebagai laki-laki atau perempuan. Pada usia 3 tahun, anak-anak memilih mainan yang mirip dengan jenis kelamin mereka. Pada usia 4 tahun, mereka dapat mengidentifikasi dengan benar apakah sebuah boneka itu perempuan atau laki-laki. Di sisi lain, ada perbedaan gender dalam perilaku anak laki-laki dan perempuan sejak usia dini, misalnya anak perempuan suka bermain dengan boneka sementara anak laki-laki suka bermain dengan tank dan senjata. Umumnya pada usia 2 tahun terdapat perbedaan gender dalam perilaku bermain mereka, dan pada usia 3 hingga 4 tahun, perbedaan itu sangat jelas. Dan perkembangan seksualitas yang sebenarnya terjadi setelah masa pubertas. Di sisi lain, mereka yang memiliki gangguan pengenalan seksual, masih belum dapat mengenali identitas seksual mereka dan/atau berperilaku seperti lawan jenis pada usia yang sesuai. Gangguan ini terlihat pada anak-anak berusia antara 3 dan 7 tahun, tetapi tidak umum. Gangguan ini dapat disembuhkan dengan perubahan lingkungan jika hanya disebabkan oleh pengasuhan lingkungan yang buruk. Mereka yang memiliki kecenderungan gangguan atau faktor anatomi dan fisiologis yang tidak dapat dihilangkan dengan mudah sering kali tidak mudah untuk diobati Green (1987) mengikuti 44 kasus gangguan identifikasi pria dan anak-anak kontrol, dengan usia rata-rata saat diagnosis pertama 7,1 tahun (4 hingga 12 tahun). Usia rata-rata pada masa tindak lanjut adalah 18,9 tahun (14 hingga 24 tahun). Tujuh puluh lima persen dari anak-anak tersebut memiliki fantasi biseksual atau homoseksual, dan 80 persen melakukan hubungan seks homoseksual atau biseksual. Pada kelompok kontrol, tidak ada pasien yang memiliki fantasi homoseksual atau biseksual, dan hanya satu (4 persen) yang melakukan hubungan seks homoseksual. Data di atas menunjukkan bahwa masih ada sejumlah besar homoseksual dalam kelompok pasien ini ketika mereka menjadi dewasa. Anak-anak harus dilatih sejak usia dini untuk mengidentifikasi jenis kelamin mereka dengan benar. Anak laki-laki harus mengenakan pakaian laki-laki dan memiliki mainan maskulin, seperti senjata, mobil, pesawat terbang, bola, dan balok-balok bangunan. Pada usia dini, mereka harus diizinkan untuk mengamati dan meniru perilaku berani ayah mereka dan berada di tengah-tengah anak laki-laki. Anak perempuan harus mengenakan pakaian perempuan dan bermain dengan boneka. Pada usia dini, mereka harus ditemani oleh anak perempuan. Orang tua tidak boleh membentuk jenis kelamin anak sesuai dengan keinginan mereka sendiri, karena hal ini berbahaya bagi perkembangan identitas seksual anak. Pada saat yang sama, sejak usia dini, penting untuk menghindari menempatkan anak-anak dalam keadaan cemas dan tegang. Khususnya untuk anak-anak yang cenderung tertarik pada lawan jenis pada usia dini, perhatian dini harus diberikan pada pendidikan. Misalnya, anak laki-laki yang terlalu pendiam dan pemalu harus dilatih untuk aktif dan berani. Bagi mereka yang memiliki gangguan yang sudah ada, terapi perilaku, terapi kognitif, dan psikoanalisis dapat digunakan. Bagi mereka yang orang tuanya tidak cukup sehat secara psikologis atau yang keluarganya mengalami konflik, perhatian harus diberikan pada perawatan psikologis orang tua atau pengembangan terapi keluarga. Bagi mereka yang memiliki kelainan fisiologis dan anatomis, pengobatan aktif terhadap penyakit aslinya harus dilakukan.