Siklofosfamid adalah obat yang sangat klasik untuk pengobatan nefritis. Obat ini termasuk agen alkilasi imunosupresan dan sangat efektif pada banyak jenis nefritis, seperti nefritis lupus, vaskulitis terkait ANCA dan nefropati membranosa. Terutama dalam kombinasi dengan glukokortikoid, mereka dapat menyembuhkan banyak nefritis. Namun, efek samping siklofosfamid juga relatif signifikan. Efek samping yang lebih serius yang biasa terlihat adalah penekanan sumsum tulang, toksisitas kandung kemih, gonadotoksisitas dan risiko kanker. Transplantasi sumsum tulang bergantung pada dosis dan tes darah secara teratur diperlukan untuk mencegah myelosupresi. Toksisitas kandung kemih terutama dimanifestasikan sebagai sistitis hemoragik, sehingga pasien yang diobati dengan siklofosfamid perlu minum banyak air dan hidrasi yang memadai untuk mengurangi toksisitas kandung kemih.