Manifestasi klinis yang umum terjadi pada alergi protein susu pada bayi dan anak-anak adalah sebagai berikut: 1. Saluran cerna: disfagia, sering mengalami refluks, muntah ± muntah darah, kolik usus, sakit perut, anoreksia, tidak mau makan, diare ± kehilangan protein atau darah pada feses, konstipasi ± ruam perianal. Hambatan pertumbuhan, feses OB (+), anemia defisiensi besi. 2, Kulit: urtikaria (tidak menular, obat, dll.), eksim atopik, angioedema (bibir, kelopak mata) 3, Pernafasan: pilek, mengi, batuk kronis tidak menular 4, Manifestasi sistemik: reaksi alergi, syok, asidosis metabolik parah, muntah, diare (sindrom kolitis usus halus yang diinduksi oleh makanan, FPIES) Jenis penyakit: ringan-sedang (sekitar 90%), parah (sekitar 10%) 1 ringan-sedang: refluks, muntah, diare, sembelit, kolik/sakit perut, dermatitis atopik, angioedema, urtikaria, mulut dan bibir bengkak, rinitis, pilek, mengi, batuk tidak menular, mudah tersinggung, dan lain-lain. 2. Parah: retardasi pertumbuhan, anemia defisiensi besi, enteropati berat (misalnya kolitis berat, penyakit saluran cerna eosinofilik, dan hipoproteinaemia akibat enteropati), dermatitis eksudatif/alergi parah, oedema laring, sindrom alergi akut, syok, asidosis metabolik parah, muntah, diare (sindrom kolitis usus halus yang diakibatkan oleh makanan, FPIES).