Etiologi sebagian besar nefritis kronis tidak jelas. Nefritis yang berkepanjangan setelah infeksi streptokokus akut dan berlangsung selama lebih dari satu tahun dapat berubah menjadi glomerulonefritis kronis. Namun, sebagian besar nefritis kronis bukanlah akibat dari nefritis akut. Infeksi bakteri dan virus lainnya, terutama infeksi virus hepatitis B, juga dapat menyebabkan nefritis kronis. Karena nefritis kronis bukanlah penyakit yang terpisah, patogenesisnya bervariasi. Sebagian besar merupakan gangguan kompleks imun, yang dapat disebabkan oleh pengendapan kompleks imun yang larut dalam sirkulasi di glomerulus, atau oleh pembentukan kompleks imun in situ di glomerulus dari antigen (antigen glomerulus intrinsik atau antigen yang diimplantasikan secara eksogen) dan antibodi, yang mengaktifkan komplemen dan menyebabkan kerusakan jaringan. Sebagai alternatif, kompleks imun dapat digunakan untuk mengaktifkan komplemen melalui “sistem bypass” racun bakteri dan metabolit yang disimpan secara lokal di glomerulus, yang menghasilkan serangkaian reaksi inflamasi yang mengarah ke glomerulonefritis. Kerusakan ginjal yang diperantarai oleh non-imun juga dapat memainkan peran penting dalam perkembangan dan progresivitas nefritis kronis. Menurut temuan ini, mekanisme non-imun tersebut dapat mencakup hal-hal berikut: (1) glomerulopati yang menyebabkan arteriosklerosis intrarenal; (2) kerusakan glomerulus akibat perubahan kompensasi pada hemodinamik ginjal; (3) efek hipertensi pada struktur dan fungsi glomerulus; (4) muatan super negatif pada membran tilakoid glomerulus.