Bagi pasien yang menggunakan penghambat pompa proton untuk waktu yang lama dan tidak dapat berhenti meminumnya, perhatian harus diberikan pada efeknya pada penyerapan nutrisi: Efek pada penyerapan kalsium: Efek penekan asam yang kuat dari PPI mengganggu lingkungan asam lambung dan duodenum bagian atas, yang mencegah kalsium terionisasi dan tetap berada dalam chyme, sehingga mempengaruhi penyerapannya. Kurangnya penyerapan kalsium yang kronis akan menyebabkan penurunan konsentrasi kalsium darah dan merangsang pelepasan hormon paratiroid, yang pada gilirannya mendorong resorpsi tulang yang dimediasi oleh osteoklas, yang menyebabkan osteoporosis dan dengan demikian meningkatkan kejadian patah tulang. Efek pada penyerapan zat besi non-heme: Karena PPI sangat menghambat sekresi asam lambung, zat besi trivalen tidak mudah direduksi menjadi zat besi divalen yang dapat diserap, yang dapat membentuk lebih banyak kompleks dengan vitamin C aktif, gula, dan amina, sehingga memudahkan penyerapannya di duodenum. Efek pada penyerapan vitamin B12: PI menghambat sekresi asam lambung dan mengurangi pemisahan B12 vegetarian dari protein makanan, yang bebas dan kemudian berikatan dengan protein R dan faktor internal untuk mencapai ujung ileum untuk diserap.